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慢性阻塞性肺疾病频繁和非频繁急性加重表型的潜在 microRNA 生物标志物

 

Authors Liu X, Qu J, Xue W, He L, Wang J, Xi X, Liu X, Yin Y, Qu Y

Received 23 January 2018

Accepted for publication 2 March 2018

Published 16 April 2018 Volume 2018:13 Pages 1217—1228

DOI https://doi.org/10.2147/COPD.S163459

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Editor who approved publication: Dr Chunxue Bai

目的:通过生物信息学分析鉴定并验证慢性阻塞性肺疾病(Chronic Obstructive Pulmonary Disease, COPD)频繁和非频繁急性加重患者中潜在的 microRNAsmiRNAs)生物标志物,探讨 miRNAs 在 COPD 发生发展中的作用和意义。
材料和方法:从 GEO 数据库中选择 COPD 样本数据,并使用在线工具 GEO2R 筛选候选 miRNA 生物标志物。运用 TargetScanPicTarmiRDB 及 Tarbase 等多种软件预测和筛选候选 miRNAs 的靶基因,将预测靶基因取交集,进一步与经实验验证的靶基因取并集。将得出的上述靶基因进行 GO 和 Pathway 分析,探讨 miRNAs 靶基因参与的生物学过程及信号通路。使用实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)在 COPD 患者外周血单个核细胞(PBMC)中验证 miRNAs 的表达,分析 miRNAs 表达水平与 GOLD 分级及急性加重频率间的关系,并对差异表达 miRNAs 进行 ROC 分析。
结果:与健康对照组相比,miR-23amiR-25miR-145 和 miR-224 在 COPD 患者 PBMC 中显著下调。GO 分析显示这 个 miRNAs 的靶基因参与细胞凋亡、细胞分化、细胞增殖和固有免疫反应;通路分析表明其与 p53TGF-βWntVEGF 和 MAPK 信号通路有关。在健康对照组中,与不吸烟者相比,吸烟者的 miR-25 和 miR-224 水平显著下调(分别为 P <0.001 和 P <0.05)。在 COPD 患者中,miR-23amiR-25miR-145 和 miR-224 的表达水平与 GOLD 分级相关。miR-23a 和 miR-145 在非频繁急性加重患者中的表达水平较频繁急性加重患者显著升高(P <0.05),并且 miR-23a 的 ROC 曲线下面积高于 miR-1450.707 vs 0.665P <0.05)。
结论:MiR-23amiR-25miR-145 和 miR-224 与 COPD 的发生有关,miR-23a 可能是区分 COPD 频繁/非频繁急性加重表型的潜在生物标志物。
关键词:慢性阻塞性肺疾病,microRNAs,生物信息学分析,GEO,生物标志物,GOLD 分级